化學結構區別
“不飽和脂肪酸”與“飽和脂肪酸”的區別在于，前者在化學結構中有一個或者多個不飽和雙鍵，而飽和脂肪酸沒有不飽和雙鍵。
對健康區別
不飽和脂肪酸主要包括單不飽和脂肪酸和多不飽和脂肪酸，它們分別都對人體健康有很大益處。人體所需的必需脂肪酸，就是多不飽和脂肪酸，可以合成DHA（二十二碳六烯酸）、EPA（二十碳五烯酸）、AA（花生四烯酸），它們在體內具有降血脂、改善血液循環、抑制血小板凝集、阻抑動脈粥樣硬化斑塊和血栓形成等功效，對心腦血管病有良好的防治效果等等。DHA亦可提高兒童的學習技能，增強記憶。單不飽和脂肪酸可以降低血膽固醇、甘油三酯和低密度脂蛋白膽固醇（LDL-C）的作用。雖然不飽和脂肪酸雖然益處很多，但易產生脂質過氧化反應，因而產生自由基和活性氧等物質，對細胞和組織可造成一定的損傷。
飽和脂肪酸攝入量過高是導致血膽固醇、三酰甘油、LDL-C升高的主要原因，繼發引起動脈管腔狹窄，形成動脈粥樣硬化，增加患冠心病的風險。
穩定性區別
飽和脂肪酸由于沒有不飽和鍵，所以很穩定，不容易被氧化；不飽和脂肪酸，尤其是多不飽和脂肪酸由于不飽和鍵增多，所以不穩定，容易被脂質過氧化反應。