作用較氯喹為弱。另外，奎寧能降低瘧原蟲氧耗量，抑制瘧原蟲內的磷酸化酶而干擾其糖代謝。
奎寧也引起瘧色素凝集，但發展緩慢，很少形成大團塊，并常伴隨著細胞死亡。電子顯微鏡觀察，可見原蟲的核和外膜腫脹，并有小空泡，血細胞顆粒在小空泡內聚合，此與氯喹的色素凝集有所不同。在血液中，一定濃度的奎寧可導致被寄生紅細胞早熟破裂，從而阻止裂殖體成熟。
該品對紅外期無效，長療程可根治惡性瘧，但對惡性瘧的配子體亦無直接作用，故不能中斷傳播。腦型瘧疾和其它嚴重的惡性瘧。
