哺乳動物的幼體在斷乳后，開始逐漸的減少乳糖酶的合成。人類的幼兒在4歲的時候通常會失去90%的乳糖消化能力，但各人之間的差異很大。一些人種的第2號染色體上發生基因突變，表現能終止乳糖酶的減少性狀，所以這些人種終生能消化乳糖。
關于該變異出現的時間和地點科學上尚無一致的結論。有人認為是前4000年左右在瑞典和阿拉伯半島分別獨立出現并逐漸在擴展中融合，有人認為是前4500年左右在中東地區出現后，擴展到別處。另外有人認為該變異在更晚的時候又獨立出現在東非的圖西族人中。目前的狀況是：多數祖籍西歐的人基因中存在該變異（意味著他們夠終生消化乳糖），而東亞人、撒哈拉沙漠以南的非洲人和美洲、大洋洲的原住民族則多數沒有該變異（意味著他們成年后會出現乳糖不耐癥）。全球平均有75%的人成年后會出現癥狀，所以與其將之稱作疾病，還不如說是自然狀況更合適。
有乳糖不耐癥的人不是一旦攝入微量乳糖立即出現腹瀉等癥狀，而是當攝入超過一定量之后才會出現。所以大多數有乳糖不耐癥的人仍然是可以喝牛奶的，只是不能過量。比如雖然日本人九成以上有乳糖不耐，但大多數人可以每天喝200毫升的牛奶而沒有任何不適。