傳染病醫院（含帶傳染病房綜合醫院）應設專用化糞池。被傳染病病原體污染的傳染性污染物，如含糞便等排泄物，必須按照我國衛生防疫的有關規定進行嚴格消毒。消毒后的糞便等排泄物應單獨處置或排入專用化糞池，其上清液進入醫院污水處理系統。
傳染病醫院污水處理設備
醫療機構病區和非病區的污水，傳染病區和非傳染病區的污水應分流，不得將固體傳染性廢物、各種化學廢液棄置和傾倒排入下水道。傳染病醫療機構和綜合醫療機構的傳染病房應設專用化糞池，收集經消毒處理后的糞便排泄物等傳染性廢物。醫療機構的各種特殊排水應單獨收集并進行處理后，再排入醫院污水處理站。實驗室廢水應根據使用化學品的性質單獨收集，單獨處理。傳染病醫療機構和結核病醫療機構污水處理宜采用二級處理＋消毒工藝或深度處理＋消毒工藝。綜合醫療機構污水排放執行排放標準時，宜采用二級處理＋消毒工藝或深度處理＋消毒工藝；執行預處理標準時宜采用一級處理或一級強化處理+消毒工藝
傳染病醫院污水處理設備可廣泛適用于口腔醫院、牙科醫院、口腔診所、眼科醫院、美容整形、美容院、體檢中心、衛生室、門診病房、實驗室、手術室、牙科診所、化驗室、疾控中心、血液站、獻血站等健康污水處理，有兩種不同的進水方式可供選擇，分別是：1、自流：自流進水，適合多層建筑物，可調式控制屏，可自由調節設備運行時間，節省運行費用。
2、自吸：自吸進水，適合同層建筑，當污水管道在地磚以下，進水管連接地下污水管，可將污水直接抽吸到設備中處理，處理達標后在流入污水管，排入市政管網。設備增加了進水液位控制系統，到高液位設備開始運行。低液位停止運行，大大節省設備運行費用。