液-液色譜有正相和反相之分。如果采用極性固定相和相對非極性流動相，就稱為正相；如果采用相對非極性固定相和極性流動相，則稱為反相。由于極性化合物更容易被極性固定相所保留，所以正相液-液色譜系統一般可用于分離極性化合物。相反，反相液-液色譜系統一般可用于分離非極性或弱極性化合物。正相色譜的流出順序是極性小的先流出，極性大的后流出；反相色譜的流出順序正好相反。[1]另外，其他有些色譜 如柱色譜也有正反相之分
