1、頭孢丙烯的不良反應與其他口服頭孢菌素相似，主要為胃腸道反應，包括腹瀉，惡心，嘔吐和腹痛等。亦可發生過敏反應，常見為皮疹，蕁麻疹。兒童發生過敏反應較成人多見，多在開始治療后幾天內出現，停藥后幾天內消失。
其他不良反應較少，包括：
肝膽系統：AST（谷草轉氨酶）和ALT（谷丙轉氨酶）升高。偶見堿性磷酸酶和膽紅素升高。膽汁瘀積性黃疸罕見。
中樞神經系統：眩暈，多動，頭痛，精神緊張，失眠，偶見嗜睡。所有這些反應均呈可逆性。
血液系統：白細胞減少，嗜酸性粒細胞增多。
腎臟：血清尿素氮增高，血清肌酐增高。
其他：尿布皮炎樣皮疹和二重感染，生殖器騷癢和陰道炎。
下述不良事件，無論是否以明確其與頭孢丙烯的因果關系，在上市后監測中均少見。包括過敏，血管神經性水腫，結腸炎（包括偽膜性結腸炎），多形性紅斑，發熱，血清病樣反應，Stevens-Johnson綜合癥和血小板減少癥。
2、頭孢菌素類藥物的不良反應
除上述所列使用頭孢丙烯發生的不良反應外，頭孢菌素類藥物尚有以下的不良反應和實驗室檢查異常；
再生障礙性貧血、溶血性貧血、出血、腎功能不全、中毒性表皮壞死、中毒性腎病、凝血酶原時間延長、Coomb試驗陽性、LDH增高、全血細胞減少、中性粒細胞減少、粒細胞缺乏癥。
有幾種頭孢菌素藥物與癲癇發作有關。特別是腎功能損傷患者為減少用藥量時（見“劑量和用法”）。如與藥物治療有關的癲癇病發作，應停止藥物，并根據臨床表現進行抗驚厥治療。