達肝素鈉注射液可能引起出血，尤其在大劑量時。常見報道的副作用為注射部位的皮下血腫和暫時性輕微的血小板減少癥(I型)且通常在在治療中可逆。可見暫時性輕至中度肝轉氨酶（ASAT，ALAT）增高。罕見皮膚壞死、脫發、過敏反應和注射部位以外的出血。很少見過敏樣反應和嚴重的免疫介導型血小板減少癥(II型)伴動脈和/或靜脈血栓或血栓栓塞。在進行脊柱或硬膜外穿刺或麻醉、骨髓穿刺或手術后使用硬膜外內置導管時，罕有報告出現與使用低分子肝素相關的脊柱內血腫。有報告出現腹膜內和顱內出血，其中某些可致命。
并不是以上列出的所有事件都與達肝素治療具有因果關系。