1、先天性乳糖酶缺乏：是指自出生時機體乳糖酶活性即低下或缺乏，是機體常染色體上隱性基因所致，這一類型很少見。
2、原發性乳糖酶缺乏：又稱成人型乳糖酶缺乏，是由于人類世代飲食習慣導致基因改變，發病率與年齡和種族有關，大部分人屬于這種類型。
3、繼發性乳糖酶缺乏：是指由于各種原因致使小腸上皮損傷而導致的暫時性乳糖酶活性低下，常見病因如感染性腹瀉，機體疾病康復可后恢復正常。
4、對于小兒來說，秋季多發性腹瀉、細菌性腹瀉會引起腸胃功能的暫時低下，乳糖酶分泌減少或活性降低，持續飲奶會引起繼發性乳糖不耐受。
5、大劑量服務頭胞類、內酰胺類抗菌素后也會引起繼發性乳糖不耐受。