制霉菌素與另一重要的抗霉菌抗生素──兩性霉素（廬山霉素）──結構類似。藥用的產品主要為制霉菌素A1, 此外還含有少量的A2和A3。性狀淡黃色或淺褐色粉末；有引濕性，有谷物香味。性質不穩定，極微溶于水，略溶于乙醇、甲醇，較易溶于脂類基質。暴露在熱、光、空氣或潮濕狀態下會變質。在微堿性介質中穩定，pH值9～12時不穩定。多聚醛制霉菌素鈉鹽可溶于水。
