功能性胃腸病的檢查目的是排除器質性疾病。因此，根據患者的臨床表現和病史、家族史等，往往需要做多項檢查，其中包括：
1.實驗室檢查
血、尿、便常規，糞便隱血；生化常規；血沉等；必要時做結核感染相關的檢查、腫瘤標記物檢測、內分泌檢查、幽門螺桿菌（Hp）檢測等。
2.影像學檢查
B超、鋇餐造影、鋇灌腸造影、胃腸鏡、CT、核磁掃描等，必要時做PET-CT、膠囊內鏡、小腸鏡等。
3.其他
食管pH、壓力監測，高分辨阻抗分析；胃排空試驗；胃腸排空試驗；氫呼氣試驗；肛門括約肌壓力測定、排糞造影等。
