不同于定點突變的是基于PCR的隨機突變，通過改變PCR條件提高PCR過程中的隨機出錯，這種方法適用于未知的蛋白質，作全局性分析，所以有人稱為飽和突變（saturation mutagenesis）。不過這種方法由于沒有目的性，分析操作相當繁瑣，并且不會出現一個位點2個以上堿基突變，因而應用上有局限性。定點突變適用于蛋白結構已有初步了解的基因，比PCR隨機突變更有目的性，也更為精確，簡單，同時改造基因更加“隨心所欲”。由于定點突變技術在蛋白質組學中有這非常廣泛的應用前景，相信這個技術在不遠的將來還會有更大的改進和發展，也必將為更多人熟悉應用。