形態標記(Morphological Markers)是指肉眼可見的或儀器測量動物的外部特征 (如毛色、體型、外形、皮膚結構等)，以這種形態性狀、生理性狀及生態地理分布等待征為遺傳標記，研究物種間的關系、分類和鑒定。形態學標記研究物種是基于個體性狀描述，得到的結論往往不夠完善，且數量性狀很難剔除環境的影響，需生物統計學知識進行嚴密的分析。但是用直觀的標記研究質量性狀的遺傳顯得更簡單、更方便。此法仍是一種有效手段并發揮著重要作用。
