這2種戊聚糖的分子結構十分相似，均是由D-吡喃木糖通過β-1，4糖苷鍵構成木聚糖主鏈，L-呋喃阿拉伯糖基以寡糖側鏈的形式在木糖的C（O）-2和C（O）-3位進行取代。阿拉伯糖寡糖側鏈是以2個或者2個以上的阿拉伯糖單糖分子通過1-2，1-3，1-5鍵連接起來的。小麥戊聚糖的分支程度相對較低，未被取代的木糖殘基很多、單取代和雙取代的數量相當。戊聚糖在阿拉伯糖的 C（O）-5位上常有一酯鍵相連的阿魏酸，這種阿拉伯糖基常常連在木糖殘基的C（O）-3位上。阿魏酸的存在對于戊聚糖的功能特性有重要的作用。
