（一）腦干變化：
小腦幕切跡疝發生后，不僅中腦遭受疝入組織的直接壓迫，同時腦干向下移位，所引起的腦干供血障礙，不僅影響丘腦本身，也向上影響丘腦下部，向下影響腦橋甚至包括延髓。腦干向下移位也使腦干縱行變形、扭曲，使其內部結構改變，缺血、水腫和出血。動脈受牽拉以致血管痙攣和破裂出血使腦干缺血或出血性損害。在旁中央支的被蓋部呈現點狀或片狀出血。繼發腦干水腫和軟化。
（二）動眼神經改變：
顳葉溝回疝入腳間池內可直接壓迫動眼神經和它的營養血管。還可壓迫位于動眼神經上方的大腦后動脈，然后使夾在大腦后動脈和小腦上動脈的動眼神經間接受壓。也使動眼神經核附近發生缺血和出血等損害。
（三）腦脊液循環障礙：
首先是圍繞在中腦導水管周圍的腦池即腦脊液循環的必經之路梗阻。就可發生腦脊液向幕上的回流障礙。尤其是當腦干發生受壓、變形和扭曲時造成導水管梗阻。因導水管以上的腦室系統擴大，形成腦積水，使顱內壓增高更加嚴重。
（四）引起嵌頓：
疝出的腦組織可因血流障礙而發生充血水腫以致引起嵌頓。嵌頓的腦組織發生出血、水腫和壞死，以致體積膨脹，更嚴重地壓迫腦干。