LYH的鑒別診斷主要包括鞍區腫瘤和非腫瘤性垂體病變。腫瘤性病變是鞍區最常見的疾病(（約90%)）主要包括功能性和無功能性垂體腺瘤、顱咽管瘤、腦膜瘤、生殖細胞瘤、畸胎瘤、轉移癌等；非腫瘤性病變包括先天性疾病 (（如Rathke's 囊腫、垂體發育不良)）,循環系統疾病(（如Sheehan's綜合征)）、垂體增生、空泡蝶鞍綜合征和各種垂體炎.垂體炎又斑塊原發性和繼發性垂體炎。原發性垂體炎分為肉芽腫垂體炎、黃瘤病性垂體炎、壞死性垂體炎和LYH。
垂體腺瘤 垂體腺瘤是鞍區最常見的占位性病變。垂體腺瘤一般成人多見可引起不育一般不累及后葉因此一般不會出現CDI。巨大瘤可壓迫視交叉引起視力視野改變。根據臨床癥狀和激素分泌過多的生化證據一般比較容易將功能性垂體腺瘤與LYH鑒別。對于無功能垂體腺瘤具有起病緩慢腫瘤占位效應相關的癥狀不明顯可以有垂體前葉激素的缺乏但與LYH不同的是促性腺激素和GH激素缺乏更常見。因此性激素缺乏的癥狀往往是垂體無功能腺瘤患者就診的原因。垂體腺瘤MRI表現為T1等或低信號影強化后為低信號區；無垂體柄和下丘腦受累表現。
生殖細胞瘤（鞍區） LINH需要與生殖細胞瘤（鞍區）和Langerhans’細胞組織細胞增生癥等鑒別。這些疾病也可表現為CDI和垂體柄增粗。生殖細胞瘤（鞍區）主要見于兒童青少年其主要癥狀群與LYH相似但尿崩癥更多見一般不伴前葉激素缺乏或僅部分缺乏垂體前葉功能受累最常見的是GH、其次是LH/FSHACTH和TSH缺乏相對少見。可以合并高泌乳素血癥但PRL多<100 pg/ml常常伴有顱神經受累。CSF中hCG、AFP可升高。MRI顯示病變好發于三室后部鞍上病灶常為轉移灶可見三室前隱窩及漏斗分葉狀增大。T1等信號T2稍高信號強化明顯。
垂體膿腫 垂體膿腫非常罕見。病因包括臨近組織感染血行播散或直接擴展、也可以是海綿竇栓塞的合并癥繼發性垂體膿腫大多是手術或放射治療的并發癥。最常見的癥狀包括長期(（>2 months)）頭痛,視覺異常, 腦膜炎的體征,發熱或血常規示白細胞增多。約30–50% 的患者起病時發生垂體前葉功能減退或CDI: 首先出現的是GH缺乏,其次是FSH/LH、TSH)）和ACTH。少數患者出現高泌乳素血癥（約15%）。垂體膿腫常常是一個長期、慢性的過程缺乏明顯的感染的表現也常常誤診為垂體瘤。MRI表現為圓形鞍區囊性病變T1為低信號或等信號T2為高信號或等信號, 增強后周邊強化明顯（環狀強化表明病變中央壞死）。大多數病例感染治愈后出現永久性垂體前葉和/或后葉功能低下。
鞍區結核性肉芽腫 結核性垂體炎的病理學特點是中央壞死周圍是上皮樣巨噬細胞淋巴細胞漿細胞和朗格漢巨細胞。雖然結核在發展中國家比較常見但結核性垂體炎非常罕見。頭痛是最早出現也是最常見的癥狀且大多伴隨視覺異常。臨床上有垂體前葉功能低下和高泌乳素血癥的表現如女性出現閉經、溢乳男性性欲下降。CDI也較常見。MRI表現為鞍區腫塊垂體柄結節狀增粗。
結節病 結節病是一種慢性多系統疾病多見于青年和中年人以受累器官形成免疫性肉芽腫為特征。最常見的受累部位是肺、皮膚和淋巴結。結節病很少累及內分泌系統但下丘腦和垂體常常會受累。大約25－33%的神經結節病（neurosarcoidosis）患者發生CDI。約3–32%的患者出現高泌乳素血癥。垂體功能異常中最常見的是促性腺激素分泌缺乏其次是CDI。MRI表現有T1垂體后葉高信號消失病變T1為等信號且增強掃描時可以強化。部分患者糖皮質激素治療后MRI可以明顯改善。但垂體功能異常則是不可逆的。
Wegener’s 肉芽腫 Wegener’s肉芽腫 (（WG)） 是一種以壞死性肉芽腫性小血管炎為特征的全身性疾病。其發病可能與ANCAs抗體有關。女性多見(（74%)） 。常累及的部位有耳、鼻和咽喉肺和腎關節、皮膚、眼等。垂體受累極為罕見而且主要累及后葉引起CDI。偶爾在起病時或疾病發展的過程中發生部分或完全性垂體前葉功能異常。根據文獻資料大約一半累及垂體的患者主要表現為CDI約三分之一的患者同時存在垂體前葉和后葉功能異常。MRI顯示為垂體增大、均勻強化垂體柄增粗特別是漏斗偏上部分。
其它原發性垂體炎 主要包括肉芽腫垂體炎和黃瘤性垂體炎, 雖然非常少見但其臨床和影像學表現均與LYH極為相似一般只能通過組織學檢查鑒別。因此有人認為這些疾病是相同的疾病的不同表現而且它們的治療也相似。
繼發性垂體炎 是指垂體炎癥繼發于鄰近組織感染、腫瘤反應性炎癥或是全身系統性疾病的一部分。主要包括與結核、梅毒和結節病相關的肉芽腫垂體炎和鞍區腫瘤相關的反應性垂體炎（見表）。鑒別主要根據病史(（已知的慢性疾病)）、實驗室檢查(（結核菌素試驗、結核或梅毒抗體、血管緊張素I轉換酶的測定等)）, 影像學檢查(（結核和結節病)）