本病病因不明，因有以下特點懷疑本病可能與感染有關：
1.季節性。
2.流行性。
3.外來旅行者也可以得病。
4.同居一處者發病率高。
5.廣譜抗生素治療有效。
但糞便及小腸內容物培養尚未發現病原細菌，光學顯微鏡及電子顯微鏡亦未見腸黏膜中有病原菌。小腸吸取物作病毒分離、厭氧菌及真菌檢查亦未成功。
營養缺乏如缺乏蛋白、維生素B12、葉酸等，可能是繼發因素，而非主要病因。
