1．應使用消毒溶液及戴無菌手套以免DNA降解。
2．在Falcon試管中用1×TE溶液漂洗凝膠塊20min 3次，以去除EDTA。
3．混合：酶反應緩沖液（高、中或低鹽緩沖液），100mmol/L亞精胺（只用于高鹽緩沖液狀態），10～20單位的內切酶。20單位的內切酶就足以過夜完全消化10μg DNA。
4．設立一個除內切酶成分外含有混合物各組分的陰性對照，以檢查是否有非特異性DNA降解。
5．將瓊脂糖凝膠塊加入反應混合溶液中：通常用消毒過的手術刀或套環將凝膠塊移入。
6．若兩種內切酶所需緩沖液條件一致，可以同時或先后用兩種不同的酶進行消化（先用低鹽緩沖液的酶消化，再調整鹽濃度）。倘若首次消化的酶要求50℃條件，在第二個酶消化時要換緩沖液。
7．若要進行部分消化，則首先在同一溫度和反應時間用1：10稀釋的酶進行嘗試。
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