帶狀皰疹性角膜炎的發病原因比較復雜，水痘病毒和帶狀皰疹病毒(varicella and herpes zoster virusVZV)為同一種病毒機體免疫狀態不同可導致水痘或帶狀皰疹兩種疾病機體初次感染VZV后病毒潛伏于1個或多個脊神經節的神經細胞內或腦感覺神經節的細胞內當機體免疫力下降時病毒再次活化沿感覺神經纖維下行至皮膚在某一感覺神經與眼的區域增殖發生帶狀皰疹以三叉神經第1支分布區域最多見。
帶狀皰疹性角膜炎是由水痘-帶狀皰疹病毒(varicella zoster virusVZV)復發感染所致病毒潛伏于三叉神經節中當機體細胞免疫功能下降或在其他外界刺激誘導下病毒即被激活繁殖而發病有免疫缺陷的病人例如艾滋病患者細胞移植患者以及有癌癥病史近期手術史外傷史患者也容易使潛伏在機體內的VZV復發感染。