預后與患者的年齡、病情、治療是否及時有關，發病時昏迷是預后不良的重要指征；臨床癥狀體征完全消失，腦脊液的細胞數、蛋白、糖和氯化物恢復正常提示預后良好。病死率與高齡、延遲診斷和治療、用藥不合理有關，與病人意識障礙、神經系統體征和腦脊液蛋白增高（>3g/L）呈正相關。老年TBM患者臨床表現不典型，全身情況差，合并癥較多，病死率較高；HIV感染并發TBM的病死率更高。TBM死因常規多器官功能衰竭、腦疝等，幸存者可能遺留后遺癥，如兒童精神發育遲滯、癲癇發作、視覺障礙和眼外肌麻痹等。
