單純皰疹病毒腦炎病死率可高達70%，大多死于起病后2周內。凡出現深昏迷、顱內高壓嚴重、抗病毒治療過晚者，往往預后較差。幸存者的半數留有不同程度的神經系統后遺癥，如記憶力減退或失憶、語言障礙、精神異常、勞動力喪失，甚至呈植物人。
