1、肛門視診
用兩手拇指輕輕分開病人的臀部，觀察肛門及周圍有無脫出物，外痔、瘺口、膿腫、肛裂等。
2、直腸指診
又稱肛指檢查。檢查者右手戴上手套或右食指戴上指套，涂潤滑油，用右手食指前端放在肛門口，待病人適應后再輕輕插入肛門口，先試驗肛門括約肌的松緊度，然后對肛管直腸四周依次進行檢查，應注意腸壁周圍有無觸痛、腫塊、波動、狹窄等。在直腸前壁，男性可捫及前列腺，女性可觸及子宮頸，手指抽出時，觀察手套上有無血液、粘液。
3、肛鏡檢查
肛鏡涂潤滑油，緩慢插入肛門，抽出芯子，對好燈光，由深至淺觀察直腸粘膜顏色，直腸瓣、有無潰瘍、息肉、腫瘤、異物等，將肛鏡慢慢往外退出，邊退邊觀察直腸和齒線附近有無病變，如瘺的內口、痔等。