肺孢子菌在分類學上長期以來被劃歸原蟲,被稱為卡氏肺孢子蟲。2001年的國際會議上一致同意重新修改命名,以肺孢子菌代替卡氏肺孢子蟲。臨床上兩類易感人群需要引起重視,包括HIV感染人群、尤其是外周血CD4+細胞<200/mm3者；非HIV感染患者例如腫瘤、內臟移植患者,以及其他使用免疫移植藥治療的患者。
