胃食管反流常見的并發癥有食管狹窄、食管潰瘍、食管縮短及Barrett's食管等。對于輕微的食管狹窄，可以通過飲食限制及藥物（PPI）治療改善。短期單純性狹窄可以用Teflon擴張器治療（如Hurst—malonney），必要時可行支架置入治療。部分患者亦可行外科抗反流手術。
對于食管潰瘍，通常需要大劑量PPI和黏膜保護劑的治療。Barrett's食管是胃食管反流嚴重的并發癥。因其有惡變的可能，應進行內鏡隨訪及活檢以早期發現異型增生及腺癌。當患者有低度異型增生時，可采用大劑量的PPI治療。中重度異型增生或出現結節狀增生時可行內鏡下激光、電凝、離子凝固術甚至局部食管切除。