腸道病毒屬于微小RNA病毒，包括脊髓灰質炎病毒1、2、3型，柯薩奇病毒，艾可病毒和新型腸道病毒（現稱腸道病毒）68-71型幾類。這些病毒雖名為腸道病毒，傳播方式與病毒性胃腸炎相同均為糞—口傳染，都以兒童感染特別是托兒機構集體感染為主，開始致病也在腸道，但病毒可通過血循環到達全身，引起全身癥狀。而腸道本身，特別是小腸病變不明顯，基本不引起腹瀉，而是以咽炎，皮疹，手足口病，呼吸道感染，心肌炎，中樞神經系感染等各種各樣感染為主。這點與病毒性腸炎有顯著不同。如此前安徽阜陽流行的腸道病毒71型感染表現為手足口病，少數嚴重者有無菌性腦膜腦炎，無菌性腦炎、心肌炎等，并不出現腹瀉。嚴格地說，這種病應稱為腸道病毒71型感染，手足口病僅是它的一個臨床癥候群。
腸道病毒有許多血清型，不少型都可引起手足口病，除71型外，其他如柯薩奇A10、A16均可導致手足口病。每種腸道病毒同時可引起不同癥狀群，如腸道病毒71型除可引起手足口病外，還可致中樞神經系統病變，柯薩奇A22型可同時引起前角灰質炎及呼吸道疾病等。這個特點與病毒性腸炎病毒感染是完全不同的。另一個不同點是腸道病毒感染的傳染源只是病人及無癥狀帶毒的人，而病毒性胃腸炎病毒除腸腺病毒外，其他幾個病毒都可感染動物。