1.黏膜下段輸尿管縱形肌纖維有缺陷 致使輸尿管外移，黏膜下段輸尿管縮短，從而失去抗反流的能力。正常黏膜下段輸尿管的長度與其直徑的比例為5∶1，而有反流時僅為1.4∶1。
2.輸尿管開口異常 也是反流的原因。運動場形、馬蹄形和高爾夫球洞形的輸尿管開口都容易發生反流。
3.膀胱內壓升高 當下尿路梗阻（尿道狹窄和前列腺增生癥的晚期）或神經源性膀胱造成膀胱內尿液潴留時，膀胱內壓升高破壞了膀胱輸尿管連接部的抗反流機制，產生反流。
4.先天性輸尿管發育異常 輸尿管旁憩室、輸尿管囊腫、輸尿管開口于膀胱憩室、異位輸尿管開口等輸尿管異常也可造成膀胱輸尿管回流現象。