酵母菌的分類一直充滿著挑戰和爭議，在分子生物學技術應用于物種分類之前，經典分類學方法主要從形態、繁殖和生理特征來進行酵母的分類，然而這些指標具有極大的局限性，酵母菌的特征可能隨著培養基成分和生長階段的改變而發生變化。截止到1998年，已描述的酵母菌達到95屬，723種，目前荷蘭微生物菌種保藏中心保藏有900種。常見的重要酵母菌各屬有釀酒酵母屬（Saccharomyces）、裂殖酵母屬（Schizosaccharomyces）、漢遜酵母屬（Hansenula）、畢赤酵母屬（Pichia）、假絲酵母屬（Candida）、球擬酵母屬（Torulopsis）和紅酵母屬（Rhodotorula）等，其中釀酒酵母屬是目前研究最透徹、對人類社會貢獻最大的酵母屬，是釀酒工業的主要菌種，還用于制造面包、糕點及醫藥工業等。