阿米巴原蟲屬肉足鞭毛門(Sarcomastiugophora)、肉足綱(Lobosasida)、阿米巴目(Amoebida)。由于生活環境不同可分為內阿米巴和自由生活阿米巴，前者寄生于人和動物，主要有4個屬，即內阿米巴屬(Entamoeba)、內蜒屬(Endolimax)、嗜碘阿米巴屬(Iodamoeba)和脆雙核阿米巴屬(Dientamoeba)；后者生活在水和泥土中，偶爾侵入動物機體，主要有5個屬，即耐格里屬(Naegleria)、棘阿米巴屬(Acanthamoeba)、哈曼屬(Hartmannella)、Vablkampfia屬和Sappinia屬。
現已知內阿米巴屬的溶組織內阿米巴會引發阿米巴痢疾和肝膿腫，耐格里屬和棘阿米巴屬主要引起腦膜腦炎、角膜炎、口腔感染和皮膚損傷等。臨床上，溶組織內阿米巴引發的病例多，感染面廣，危害大。 世界各地的水、空氣和土壤都存在自由生活的阿米巴，過去認為與人體致病無關。
2020年9月25日，得克薩斯州環境質量委員會警告布拉索斯港水務局，該區域的飲水可能被福氏耐格里變形蟲污染。