重癥急性呼吸綜合征的診斷必須排除其他可以解釋患者流行病學史和臨床經過的疾病。臨床上要注意排除上呼吸道感染、流行性感冒、細菌性或真菌性肺炎、獲得性免疫缺陷綜合征（AIDS）合并肺部感染、軍團菌病、肺結核、流行性出血熱、非感染性間質性肺疾病、肺嗜酸粒細胞浸潤癥、肺血管炎等呼吸系統疾患。
