1、鼻咽炎—流行性感冒
（1）流行病學 流感為廣泛性流行疾病，以冬春季節為主，急性鼻咽炎為全年發生，以秋、冬、春季節多見。
（2）臨床表現 流感的全身中毒癥狀明顯，常為高熱，39～40℃，持續3～5天，頭痛、全身疼痛常見且嚴重，疲乏虛弱早期出現，可持續2～3周，可以伴有鼻塞、噴嚏、咽痛，胸部不適及咳嗽常見，且程度較重，可并發支氣管炎、肺炎，甚至可危及生命。氣管炎和軟腭黏膜顆粒性變化是流感的典型卡他癥狀。急性鼻咽炎主要表現為鼻塞、噴嚏、咽痛、全身癥狀較輕，頭痛、全身疼痛及疲乏虛弱少且輕微，發熱少，部分可有輕到中度胸部不適及咳嗽，并發癥少見。
2、鼻咽炎—鼻腔疾病
（1）過敏性鼻炎 有過敏史，呈季節性（花粉癥）或常年打噴嚏，鼻溢，鼻充血伴瘙癢感。癥狀特征和鼻分泌物內嗜酸性粒細胞增加有助于本病診斷。
（2）血管舒縮性鼻炎 無過敏史，以鼻黏膜間歇性血管充盈、打噴嚏和流清涕為特點，干燥空氣能使癥狀加重。根據病史以及無膿涕和痂皮等可與病毒性或細菌性感染相鑒別。
（3）萎縮性鼻炎 鼻腔異常通暢，黏膜固有層變薄且血管減少，嗅覺減退并有痂皮形成及臭味，容易鑒別。
（4）鼻中隔偏曲、鼻息肉 鼻鏡檢查即可明確診斷。
3、鼻咽炎—某些急性傳染病
如麻疹、腦炎、流行性腦脊髓膜炎、脊髓灰質炎、傷寒、斑疹傷寒和HIV感染前驅期的上呼吸道炎鑒別，根據癥狀病史、動態觀察和相關實驗室檢查，鑒別不難。