18650鋰電池的最大的缺點就是他的體積已經固定好了，裝在一些筆記本或是一些產品時候不是很好定位，當然這個缺點也可以說是優點，這是相對其他聚合物鋰電池等鋰電池的可定制和可變換大小來講這就是一個缺點了。而相對于一些指定電池規格的產品來說又成了一個優勢所在。
18650鋰電池容易發生短路或發生爆炸，也是相對于聚合物鋰電池來說的，如果相對一般的電池，這一缺點就不是那么明顯了。
18650鋰電池生產均需要有保護線路，防止電池被過分充量而導致放電。當然這個對于鋰電池來說都是必須的，這也是鋰電池的一個通弊，因為鋰電池采用的材料基本都是鈷酸鋰材料，而鈷酸鋰材料的鋰電池不能大電流放電，安全性較差。
18650鋰電池的生產條件要求高，相對于一般的電池生產，18650鋰電池對生產條件要求很高，這無疑增加了生產成本。