NF-κB結合DNA的結構最早是在成熟B細胞免疫球蛋白κ-輕鏈基因的增強子上被發現，兩個亞基形成的同源和/或異源二聚體與靶基因上10bp特定的序列（-κB 位點）結合調節基因轉錄，不同的NF-κB二聚體在選擇結合序列時可能略有差異，這是NF-κB通過不同的二聚體的形式對不同基因的表達進行精細調節的一種方式，但結合的模式基本相同。NF-κB的兩個RHR組裝成蝴蝶樣結構，中間有一個孔可以讓DNA穿過。CTD負責兩個蛋白的二聚，以及DNA的磷酸化，NTD可以特異性識別DNA堿基序列以及非特異性結合DNA的磷酸骨架。
最常見的NF-κB二聚體是RelA（p65）與 p50組成的異二聚體。