這是目前鑒定物種和做分子分類研究的最主流的方法.原理是：ITS序列是中度重復序列，廣泛分布于基因組并且是同步進化的，而且不同物種間進化差異很大，它的堿基序列同源性的程度決定生物之間的親源關系遠近，并可以以此來作為分類依據劃分物種.另外對于未知物種，可以通過與GENEBANK提供的序列比對來確定該物種的分類歸屬，達到鑒定的目的.ITS序列在核糖體大小亞基的rRNA之間，核糖體大小亞基的rRNA序列非常保守，便于設計PCR過程所需的兩端特異性引物，進行典型的錨定PCR.
