出血性小結節病為性連鎖顯性遺傳疾病，致病基因定位于X染色體長臂中段Xq21至Xq24。因此，半合子男性病情重，而雜合子女性病情表現多樣，多數輕度異常（如僅有角膜環生狀混濁），甚至無癥狀，少數重如男性。該基因突變導致α-半乳糖苷酶A（一種溶酶體水解酶）缺乏，使終端α-半乳糖殘基不能從中性糖鞘脂（neutral glycosphingolipid）分子上解離，而使如此的中性糖鞘脂，主要為酰基鞘氨醇三己糖苷（ceramide trihexoside），也有較少的酰基鞘氨醇三己糖苷沉積至體內各器官致病。臨床發現B型或AB血型的Fabry病患者常發病早、病情重，這是因為這兩種血型人群還具有另外兩個糖鞘脂——B和B1糖鞘脂，當α-半乳糖苷酶A缺乏時，它們亦不能解離掉分子終端的α-半乳糖殘基，該B及B1糖鞘脂也一同沉積至器官組織。由于B或AB血型患者比O或A血型患者有更多的糖鞘脂沉積，故病情重。