阿米巴肝膿腫的發病與阿米巴結腸炎有密切關系，且膿腫大多數為單發；細菌性肝膿腫的細菌侵入途徑除敗血癥外，可由腹腔內感染直接蔓延所引起，亦可因臍部感染經臍血管，門靜脈而入肝臟，膽道蛔蟲亦可為引起細菌性肝膿腫的誘因。常見的細菌有金黃色葡萄球菌，鏈球菌等。此外，在開放性肝損傷時，細菌可隨致傷異物或從創口直接侵入引起肝膿腫；細菌也可來自破裂的小膽管。有一些原因不明的肝膿腫，稱隱源性肝膿腫，可能與肝內已存在的隱匿病變有關。這種隱匿病變在機體抵抗力減弱時，病原菌在肝內繁殖，發生肝膿腫，有人指出隱源性肝膿腫中25%伴有糖尿病。