劉小樂教授發布CRISPR實用工具

　　必需基因是指細胞生存的關鍵基因。近年來，研究基因重要性（gene essentiality）的功能基因組技術發展很快。舉例來說，大規模shRNA篩選已經被用于多個細胞系，幫助人們尋找必需基因。如果一個轉錄因子使細胞在特定條件下存活，就可以用ChIP-seq鑒定其調控靶標，進而找出必需基因。最近，CRISPR篩選成為了在基因組中分析基因重要性的新途徑。

　　CRISPR-Cas9是細菌在漫長的進化史中演化出的重要防御機制。這一系統最初用于特異性修改基因序列，被視為基因組工程領域的革命性工具。細菌免疫系統的天然蛋白Cas9，能像分子剪刀一樣精確切割或編輯特定的DNA片段。不過最近科學家們也開始用CRISPR-Cas9系統進行基因調控，隨心所欲的開/關基因。

　　CRISPR篩選可以系統可靠地在不同條件下分析基因重要性。眾所周知，生物學網絡中高度關聯的蛋白對于細胞生存尤為重要。此前人們已經通過整合蛋白互作網絡，改善了RNAi篩選的結果。這意味著，蛋白互作網絡應該也能提高CRISPR篩選結果的質量

　　哈佛大學Dana-Farber癌癥研究所的劉小樂 (X. Shirley Liu)教授領導研究團隊，在此基礎上開發了預測基因重要性的新方法，可以很好的用于CRISPR篩選等功能基因組實驗。這一成果發表在十月三十日的Genome Biology雜志上。（延伸閱讀：劉小樂教授發表Nature綜述：NGS染色質分析中的偏好）

　　研究人員將自己開發的計算方法命名為NEST（Network Essentiality Scoring Tool）。他們用NEST對最近的全基因組CRISPR篩選數據進行了全面分析。研究顯示，CRISPR篩選得出的基因重要性，很大程度上依賴于生物學網絡中互作基因的表達水平。NEST不僅能夠很好的用于CRISPR和shRNA篩選，還可以進行其他類型的基因組數據分析，比如評定ChIP-seq靶基因的優先次序，或者在腫瘤分析數據中鑒定存活基因。

　　作者簡介：劉小樂 (Xiaole Shirley Liu) 青年時代就讀于天津南開中學, 1992 年考入北京大學生物系。 1994 年轉學到美國史密斯女子學院 (Smith College) 雙修生物化學和計算機科學, 三年后以最高拉丁榮譽畢業 (Summa Cum Laude, 授予全校積分最高的 1% 的畢業生)。2002 年于斯坦福大學取得生物醫學信息學博士和計算機科學輔修博士學位后, 被直接聘為哈佛大學終身制助理教授。她目前擔任哈佛大學公共衛生學院生物統計與計算生物學系的終身正教授、Dana-Farber 腫瘤研究所功能性癌癥表觀遺傳組學中心主任, 和同濟大學生物信息學系教授并長江學者講座教授。