1.涂片檢查
涂片染色鏡檢可根據部分致病菌鏡下特征給出初步報告，不可進行確診。
（1）涂片固定：取精液均勻涂布于載玻片上，干燥后通過火焰數次進行固定。
（2）染色鏡檢：革蘭染色需初染、媒染、脫色、復染，之后可鏡檢。抗酸染色法則需初染，脫色，復染后鏡檢。
2.微生物培養
根據培養目的菌的不同選擇不同的培養基并在不同的條件下進行培養。如細菌量較少可先進行增菌培養，待有菌生長后進行移種。微生物培養可選擇的接種平板有血平板、巧克力平板、液體培養基等；部分細菌可能需要特殊的環境進行培養，如淋病奈瑟菌需要在CO2環境中培養。培養后可取可以菌落進行進一步檢查，包括細菌鑒定、藥敏試驗等。