哺乳動物的動粒可分為三個不同的區域: 即內層、中間層和外層, 直徑約為200nm。
中間層(middle layer)染色淺, 它將內層和外層隔開，中間層有一些纖維，它起著聯系內外兩層結構的橋梁作用； 內層(inner layer)是染色質的特化層, 它附著在著絲粒的異染色質上； 外層(outer layer)含有與微管正端結合的蛋白質。
動粒和著絲粒并非同一結構，它們的功能也不同，但這兩種結構的位置關系是固定的。在非正規場合中，有時也用動粒或著絲粒泛指它們所在的染色體主縊痕位置。
動粒包括兩個區域：一個內動粒，該區域用于與DNA著絲粒緊密連接；一個外動粒，用于和微管發生作用。單著絲粒生物（包括脊椎動物、霉菌和眾多植物）在每個染色體中有一個單獨的動粒區，聯合起來組成一個動粒。全著絲粒生物（包括線蟲和蛔蟲等）順著染色體的延伸方向組裝動粒。