1）電子轟擊源，電子轟擊的能量遠高于普通化學鍵的鍵能，因此過剩的能量引起分子多個鍵的斷裂，產生許多碎片離子，因而能夠提供分子結構的一些重要的官能團信息，但對于相對分子質量較大、或極性大，難氣化，熱穩定性差的有機化合物，在加熱和電子轟擊下，分子易破碎，難以給出完整分子離子信息。（2）在場致電離源的質譜圖上，分子離子峰很清楚，但碎片峰則較弱，因而對于相對分子質量的測定有利，但缺乏分子結構信息。（3）場解析電離源，電離原理與場致電離相同，解吸試樣分子所需能量遠低于氣化所需能量，因而有機化合物不會發生熱分解，即使熱穩定性差的試樣仍能得到很好的分子離子峰，分子中的c-c
鍵一般不會斷裂，因而很少生成碎片離子。總之，場致電離和場解析電離源都是對電子轟擊源的必要補充，使用復合離子源，則可同時獲得完整分子和官能團信息。