單細胞生物雖然個體微小，但是與人類的生活有著密切的關系。多數單細胞生物是浮游生物的組成部分，是魚類的天然餌料。草履蟲對污水凈化有一定的作用，據統計，一只草履蟲每小時大約能形成60個食物泡，每個食物泡中大約含有30個細菌，因此，一只草履蟲每天大約能吞食43000個細菌。但是單細胞生物也有對人類有害的一面，如瘧原蟲，痢疾類變形蟲等人體內寄生蟲危害人類健康；海水中的某些單細胞生物大量繁殖可能造成赤潮。
簡單地說，單細胞生物與人類的關系可以分為有利和有害兩個方面，有利：魚類餌料、凈化污水等，有害：危害健康，造成赤潮等。