蛋白質、糖蛋白、脂蛋白、酶類、補體、脂多糖、細菌外毒素和核酸等均為可溶性抗原，它們有相當部分來源于組織和細胞，成分復雜。制備這類免疫原時，首先須將組織和細胞破碎，然后再從組織和細胞勻漿中提取目的蛋白或其他抗原，提純的抗原需鑒定后才能用做免疫原。
一、組織勻漿的制備
用于制備免疫原的材料必須是新鮮或低溫保存的。材料獲得后立即去除包膜或結締組織，臟器應進行灌洗，去除血管內殘留的血液，用含0.5g/L
NaN3的生理鹽水洗去血跡及污物；在4℃水浴或冰浴中將洗凈的組織剪成0.3～0.5cm3小塊，加入適量生理鹽水，裝入搗碎機筒內制成組織勻漿。組織勻漿經3000r/min離心10min后，上清液作為提取可溶性抗原的材料。上清液在提取前還必須進行離心去除細胞碎片及微小的組織。
二、細胞破碎
提取細胞的可溶性抗原，需將細胞破碎。根據細胞類型不同，選擇破碎的方法也有一定的差異，現介紹幾種常用的細胞破碎方法。
1、酶處理法
溶菌酶、纖維素酶、蝸牛酶等在一定的條件能消化細菌和組織細胞。如溶菌酶對革蘭陽性菌的細胞壁有溶菌作用。酶處理法適用于多種微生物細胞的溶解，該方法具有作用條件溫和、內含物成分不易受到破壞、細胞壁損壞程度可以控制等特點。
2、凍融法
細胞主要因突然冷凍，細胞內冰晶的形成及胞內外溶劑濃度突然改變而破壞。其方法是將破碎的細胞置-15～-20℃冰箱內完全凍結，然后從冰箱取出，讓其在30～37℃中緩慢融化。如此反復兩次，大部分組織細胞及細胞內的顆粒可被破。此法適用于組織細胞，對微生物的細胞作用較差。
3、超聲破碎法
這是利用超聲波的機械振動而使細胞破碎的一種方法。由于超聲波發生時的空腔作用（cavitation），使液體局部減壓，引發液體內部流動，在漩渦生成與消失時，產生很大的壓力而使細胞破碎。超聲波所使用的頻率從1～20kHz不等。進行超聲破碎時，需間歇進行，避免長時間超聲產熱，導致抗原破壞。也可將超聲粉碎的細胞置于冰浴降溫。超聲破碎細胞，方法簡單，重復性較好，且節省時間。微生物和組織細胞的破碎，均可采用此方法。
4、表面活性劑處理法
在適當的溫度、pH及低離子強度的條件下，表面活性劑能與脂蛋白形成微泡，通過細胞膜的通透性改變使細胞溶解。常用的表面活性劑有十二烷基磺酸鈉（SDS陽離子型），新潔爾滅，Triton
X-100等。如將大腸桿菌濕菌體1g，加入2%濃度的Triton
X-100作用60min，可使絕大多數大腸桿菌的菌體裂解。此方法作用比較溫和。在提取核酸時，常用此法破碎細胞。
三、蛋白質的提純
蛋白質純化方法屬于生物化學技術，本章只作較簡要介紹