1.甲狀腺功能正常的病態綜合征(euthyroid sick syndrome)
一些急性或慢性非甲狀腺疾病臨床表現代謝低減和交感神經反應低下，如怕冷、乏力、浮腫、納差、便秘等表現，測定血清T3和/或T4低下，容易誤診為甲減。單純T3低下稱為低T3綜合征，嚴重者還可以表現T4低下，稱為低T4綜合征。血清T3、T4下降是一種機體的保護性措施，人為的加服甲狀腺激素制劑以提高機體的代謝率，必然會加劇原發疾病的病情。
2.慢性腎炎
甲減病人因水鈉潴留表現為皮膚蒼白、水腫、貧血、高血壓和血膽固醇升高。腎炎慢性腎功能不全的病人，常常會表現甲狀腺激素測定異常，主要是血清T3下降，但TSH是正常的。而甲減病人的血清TSH是明顯升高的。
3.貧血
約有25%～30%的甲減患者表現貧血，貧血原因是多種的，甲減病人多見于女性，常伴月經量多、經期長，導致失血過多，同時食欲減低、營養不足和胃酸缺乏更加重了貧血。原發甲減的甲狀腺激素是低下的，TSH是升高的，鑒別診斷并不困難。
4.漿膜腔積液
甲減發生漿膜腔積液的原因是由于淋巴回流緩慢、毛細血管通透性增加、淋巴細胞分泌高親水性的粘蛋白和粘多糖，引起腹水、心包積液、胸腔積液和關節腔積液。
5.特發性浮腫
甲減病人的纖維母細胞分泌透明質酸和粘多糖，具有親水性，阻塞淋巴管，引起粘液性水腫，多數表現為非可凹性浮腫，被誤診為特發性浮腫。
6.垂體瘤
長期甲減病人，尤其是兒童患者，垂體可以表現增大，有時會被誤診為垂體瘤。原發甲減長期血T4下降，垂體TSH細胞增生肥大，致蝶鞍增大，一些女性病人由于月經紊亂和泌乳，實驗室檢查發現催乳素輕度升高，被誤診為垂體催乳素分泌瘤。有些甲減病人由于手足腫脹、唇厚舌大，聲音嘶啞、手足增大，又有蝶鞍增大，會被誤診為垂體生長激素分泌瘤，甲狀腺激素測定可以進行鑒別診斷。[2]