構成地衣的藻類：主要是藍藻和綠藻。藍藻主要是念珠藻屬，綠藻主要是共球藻屬。
構成地衣的真菌：大多數是子囊菌，少數是擔子菌。構成地衣的真菌在許多生理特性方面都不同于一般真菌，特稱為“地衣型真菌”。真菌在地衣體構造上占主要部分。地衣原植體的形態幾乎完全是由共生的真菌決定的。藻類分布在地衣植物的內部，形成一層藻胞或若干團藻胞或分散在菌絲中。
藻、菌共生的關系是：藻細胞進行光合作用為整個地衣植物體制造有機養分，而菌絲則吸收水分和無機鹽，為藻類進行光合作用提供原料，并使藻細胞保持一定濕度，不致干死。這樣構成了地衣的藻菌之間互惠互利的共生關系。但有人做過試驗，將地衣植物體中的藻類和真菌分開培養，發現藻類可以生活很長時間，而真菌被餓死。說明真菌不能單獨生活，地衣體中的真菌必須依靠藻類生活。這是因為，真菌長期與藻類共生以后，自身細胞在產生生活物質或酶等方面已發生了變化。