真菌性心內膜炎的診斷常較困難，根據臨床表現常難與細菌性心內膜炎相鑒別。
實驗室異常發現，包括貧血、白細胞數計數異常、血沉增快、蛋白尿和顯微鏡下血尿或膿尿常見，但為非診斷性表現。如果懷疑真菌性心內膜炎，血培養基中發現的革蘭陰性菌株可能提供重要的診斷線索。曲菌心內膜炎患者血培養經常陰性的原因可能是病原體以菌絲團的形式生長，后者很少斷裂而進入血液中。使用裂解-離心培養系統可能提高血培養的陽性率，尤其對念珠菌所致的感染，可在懷疑念珠菌性心內膜炎而常規血培養陰性時采用。
