涂布未轉化的感受態細胞： 如有菌落，表明氨芐失效，或污染上帶有氨芐抗型的質粒，或產生氨芐抗型的菌落：
1 ) 轉化完整質粒，計算菌落生長數，測定轉化效率：
例如，將1μg/μL質粒1:100 稀釋，1μL用于100μL感受態細胞轉化。用SOC稀釋到1000μL后，用100μL鋪板。培養過夜，產生1000個菌落。
轉化率為：
產生菌落的總數 / 鋪板 DNA 的總量。
2)如用pGEM-T正對照，或PCR產物，產生>20～40藍斑(用指定步驟108cfu/ug感受態細胞)，表明載體失去T，可能是連接酶污染了核酸酶。T4DNA連接酶(M1801，M1804，M1794)質量標準好無核酸酶污染，不應用其它來源的T4DNA連接酶替換。
3)用pGEM-T或pGEM-T Easy載體，連接pGEM-T正對照，轉化高頻率感受態細胞(108cfu/ug)，按照指定的實驗步驟，可得100個菌落，其中60%應為白斑，如，產生>20-40藍斑，沒有菌落或少有菌落，連接有問題。