應及時發現和隔離病人，一般起病后隔離40天，或痙咳開始后30天；患者的痰、口鼻分泌物要進行消毒處理；要保護易感者，進行預防接種，注射白喉類毒素、百日咳菌苗、破傷風類毒素三聯疫苗已列入常規預防接種計劃之中；對于嬰幼兒及體弱的接觸者，可給予百日咳多價免疫球蛋白作被動免疫，還可用紅霉素作藥物預防。早期診斷，及時隔離，隔離期間自發病起7周，從痙咳起4周。對有密切接觸的易感兒，檢疫3周。對年小、體弱有接觸史的可進行被動免疫，可給高效價特異性免疫球蛋白，同時可用抗生素或中藥。
國內目前用百日咳菌苗、白喉類毒素、破傷風類毒素三聯疫苗。在出生后3個月可進行基礎免疫，每月1次，共3次。以后按規定定期加強。對有腦疾患、驚厥性疾病者避免使用，乙腦流行季節也不進行百日咳疫苗注射。
(一)控制傳染源隔離患兒3~4周。密切接觸者觀察21天。
(二)保護易感人群
①自動免疫：按時接種三聯疫苗(百日咳菌苗、白喉類毒素、破傷風類毒素)，為我國計劃免疫之一。
②藥物預防：與病人密切接觸的家庭成員，尤其是兒童，應給予紅霉素，每日50mg/kg，分次口服，連續10~14天。