通過對眾多生物類群的研究，發現幾種常見的系統發生生物地理格局：
1）基因譜系不連續的種群，占據不同地理空間：主要由于地理隔離，造成基因流長期中斷和一些過渡類型的逐漸滅絕所造成。
2）基因譜系不連續的種群，分布同一地區：這些同域分布的不同種群由于基因流的長期中斷，造成被此之間生殖隔離所造成。
3）基因譜系連續的種群，地理分布不同：遺傳距離近的種群由于隔離分化而占據不同地區，但由于分化時間短，種群內突變尚未在種群間散布，由此，占據不同地區種群的遺傳距離相差很近，這種結構可理解為傳統種群遺傳學中的島嶼模型。
4）基因譜系連續的種群，空間分布也連續：種群不存在地理隔離，種群間相互遷移，具廣泛的基因交流。
5）基因譜系連續的種群，空間分布部分連續：一些基因型廣布，與其具有同源關系的另一基因型占有某特定區域，此格局的形成主要由于地理種群間的中度基因流水平造成。