影響化學鍵合相色譜儀保留值的因素有溶質結構、烷基鍵合固定相特性、溶劑性質、無機鹽的影響和PH值等。
一、溶質結構：
1、正相：溶質極性越強，官能團越多，保留值越大。
2、反相：溶質極性越弱，疏水性越強，保留值越大。溶質的保留值與其分子非極性部分的總面積有關，面積越大，保留值越大。
二、烷基鍵合固定相特性：
反相：鍵合相烷鏈越長，k越大，選擇性越好。
三、溶劑性質：
1、正相：溶劑極性越弱，保留值越大。
2、反相：流動相表面張力越大，介電常數越大，極性越強。其斥力越大，溶質與固定相鍵合越強，保留值越大。
四、無機鹽的影響：
通常加入醋酸鹽、硼酸鹽和硫酸鹽等。
無機鹽使流動相表面張力增大，對非離子性溶質，使k增加；對離子型溶質，k下降。對堿性有機物有改善峰形的作用。
五、PH值：
加入酸、堿或緩沖液，控制PH值，抑制溶質的離子化，改善峰形。