毛細管電泳色譜儀電泳淌度又稱電泳遷移率，是指帶電顆粒在毛細管電泳儀毛細管中單位電場下的泳動速度。影響電泳遷移率的因素有內在因素和外界因素。
一、影響電泳遷移率的內在因素：
1、顆粒所帶凈電荷量：
顆粒遷移率與顆粒所帶凈電荷量成正比。
2、顆粒大小和形狀：
顆粒直徑小而接近于球形，在電場中泳動速度快。
3、DNA構象：
一般遷移率為超螺旋環狀DNA＞線狀DNA＞單鏈開環DNA。
二、影響電泳遷移率的外界因素：
1、電場強度：
一般來說，電場強度越高，帶電顆粒移動速度越快。
2、溶液pH：
溶液pH決定被分離物的解離程度和質點的帶電性質及所帶凈電荷量。
溶液pH離pl越遠，質點所帶凈電荷越多，電泳遷移率越大。因此，電泳時，應根據樣品性質選擇合適的pH值緩沖液。
3、溶液離子強度：
電泳液中的離子增加，會使電泳遷移率降低。原因是帶電的離子會吸引相反符號的離子聚集在其周圍，形成一個與運動離子符號相反的離子氛，使該離子向相反的方向運動，從而降低該離子的遷移率。
4、溫度：
電泳過程中，由于通電會產生焦耳熱，焦耳熱對電泳有很大的影響。溫度每升高1℃，遷移率增加約2.4%。
為降低熱效應對電泳的影響，可控制電壓、電流和在電泳系統中安裝冷卻散熱裝置。
5、支持物：
支持物的吸附作用要小，否則電場強度不均勻，影響區帶分離，使實驗結果無法重復。
6、電滲流：
電滲流速度的微小變化會影響分離結果的重現性。