微折細胞的形態差異與其他腸上皮細胞不同。它們的特征是微絨毛短或細胞表面缺少這些突起。當它們呈現微絨毛時，它們是短的，不規則的，并存在于這些細胞的頂表面或袋狀內陷于基底外側。當它們缺乏微絨毛時，它們的特征在于微褶皺，因此獲得了眾所周知的名稱。這些細胞遠不如腸上皮細胞豐富。這些細胞也可以通過在細胞邊緣或其細胞表面表達的細胞骨架和細胞外基質成分來識別，例如肌動蛋白、維林、細胞角蛋白和波形蛋白。
