注意個人衛生有助于防止甲型肝炎病毒的傳播。急性期病人的血液必須謹慎進行處理，而且甲肝病人的大便作為傳染源必須嚴加處理。然而，以前過分強調了對病人的隔離，實際上這種隔離并不能防止甲型肝炎的傳播，而且對乙型肝炎，丙型肝炎的擴散也無意義。減少不必要的輸血，或者輸血時用自愿獻血者的血，不用受雇獻血者的血并對所有獻血者作HBsAg和抗HCV篩查，輸血后感染已經顯著減少。對獻血者進行肝炎病毒的檢查，已被廣泛應用，盡管尚未消滅醫源性的乙型肝炎和丙型肝炎的發生，但它們的發生已經顯著降低。
用γ-球蛋白進行被動預防的價值尚有爭論，這主要是因為抗體的滴度不穩定，標準化的免疫球蛋白（Ig，舊稱免疫血清球蛋白）對臨床癥狀明顯的甲型肝炎患者具有保護作用，但與患者接觸的家庭成員應接受這種球蛋白的預防性注射，一般注射劑量為0.02ml/kg，肌內注射，但有些專家建議用0.06ml/kg（成人3~5ml）的劑量。雖然出現的甲肝疫苗接種是一更好的方法，但對于將在流行區停留較長時間的旅游者也予以球蛋白注射。免疫球蛋白抗丙型肝炎的作用不明顯。乙肝免疫球蛋白（HBIG）有較高的抗體滴度，但由于其費用高限制了它的應用。對偶然接觸HBsAg陽性血液污染針頭的人應注射乙型肝炎免疫球蛋白（劑量為0.06ml/kg，24小時內肌內注射，且一個月后再注射一次）。對患者的固定性伴侶，應肌內注射HBIG（劑量為0.06ml/kg，最后一次性接觸后的2周內注射），而且應該考慮應用疫苗。已證實HBIG可阻止新生兒受HBsAg陽性母親乙肝病毒的慢性感染，其有效率達70%，在新生兒出生后12小時即可結合疫苗的主動免疫預防進行肌內注射HBIG0.5ml.
正常人接受抗乙肝病毒疫苗的注射可產生一種全面的抗乙肝病毒表面抗原的反應，醫學教。育網收集整理而且使乙型肝炎感染的發病率明顯降低，約為90%.接受透析治療的病人和肝硬化患者以及其他免疫功能減退者效果較差。少量未能產生抗HBs反應的患者沒有明顯的免疫缺陷。已有的疫苗都很安全，副作用很小。
由于價格昂貴而影響了疫苗接種的實施。對HBsAg陽性母親所生的新生兒建議接觸后進行疫苗接種（結合HBIG的注射）。此外，對接觸HBsAg陽性血液污染的針頭的人（除用HBIG外）以及患者的配偶或固定的性伴侶也應結合HBIG注射予以疫苗接種，疫苗接種對已有乙型肝炎病毒感染的病人沒有效果。所有的新生兒和成人在接觸前應進行疫苗預防。這種大規模的疫苗可顯著降低HBV攜帶者的數量以及疾病帶來的巨大負擔，最終也使高流行區域肝細胞癌的發生降低。為達到這個全球性目標，必須生產出更便宜的疫苗。接觸乙型肝炎病毒的高危人群，如接受血液透析的病人及血透室的職工，接觸血液的醫生和其他保健人員，牙科保健員，精神病相關機構的住院醫生和工作人員以及男性同性戀者應予以疫苗接種。當疫苗的費用降低時，無危險的新生兒和年輕人也會接受疫苗接種。
現已有針對HAV的疫苗，并且很安全，有效，較被動性免疫球蛋白的保護作用時間長（可能是幾年）。到HAV高流行地區的旅行者應接種此疫苗。現尚無針對HCV的疫苗。